В phpMyAdmin есть ограничение времени сессии. По умолчанию оно 1440 секунд, т.е. 24 минуты. Что весьма мало.

Для того что бы увеличить срок действия cookie идем  в Настройки (справа вверху на главной странице)

Настройки -> Настройки -> Общие

Нас интересует поле

Срок действия cookie

Пишем туда 43200, что является 12 часам, или другое число, которое вас устраивает:

1 сутки - 86400
1 неделя - 604800
1 месяц - 18144000

Нажимаем «Применить».