После обновления из контекстного меню проекта пропал пункт Sync пакета atomic-synс. Для решения проблемы открываем

Edit -> Preferences -> Open Config Folder ->
.atom -> packages -> atomic-sync -> menus -> atom-sync.cson

и меняем

.tree-view.full-menu

на

.tool-panel.tree-view

Перезагружаем редактор atom и работаем.

В итоге файл atom-sync.cson выглядит так:

# See https://atom.io/docs/latest/hacking-atom-package-word-count#menus for more details
'context-menu':
    '.tool-panel.tree-view .header.list-item': [
        'label': 'Sync'
        'submenu': [
            {
                'label': 'Edit Sync Config'
                'command': 'atom-sync:configure'
            }
            {
                'label': 'Sync Remote -> Local'
                'command': 'atom-sync:download-directory'
            }
            {
                'label': 'Sync Local -> Remote'
                'command': 'atom-sync:upload-directory'
            }
        ]
    ]

    '.tool-panel.tree-view .file.list-item': [
        'label': 'Sync'
        'submenu': [
            {
                'label': 'Download File'
                'command': 'atom-sync:download-file'
            }
            {
                'label': 'Upload File'
                'command': 'atom-sync:upload-file'
            }
        ]
    ]

Если не работает Sync -> Edit Sync Config, создаем файл с именем .sync-config.cson вставляем текст ниже и правим под свой конфиг.

remote:
    host: "HOSTNAME"
    user: "USERNAME"
    path: "REMOTE_DIR"
    port: "PORT_NUM"
behaviour:
    uploadOnSave: true
    syncDownOnOpen: true
    forgetConsole: false
    autoHideConsole: true
    alwaysSyncAll: false
option:
    deleteFiles: false
    exclude: [
        '.sync-config.cson'
        '.git'
        'node_modules'
        'tmp'
        'vendor'
    ]